Debido a que la investigación estaba mal integrada y a que no había pruebas suficientes para inculparlos de desaparición forzada y delincuencia organizada, dos militares que habrían omitido acciones para evitar la desaparición de los 43 normalistas de Ayotzinapa no pudieron ser detenidos.
El periódico La Jornada señala que fuentes federales informaron que el Ministerio Público federal buscaba girar las órdenes de aprehensión contra el teniente Joel Gálvez Santos y el soldado Eduardo Mota.
Gálvez Santos compareció en agosto de 2017 y declaró que no había tenido conocimiento de que los informes emitidos por el C-4 no le eran enviados; también negó su participación en las acciones de búsqueda de los normalistas. Pero los familiares de de los 43 lo señalan como uno de los integrantes del Ejército que pudieran dar datos que ayudaran a localizar a los estudiantes.
Por su parte, Eduardo Mota habría estado conduciendo una motocicleta el 26 de septiembre y, además, habría sido testigo del momento en que los normalistas eran agredidos por policías municipales. Mota también habría fotografiado los hechos que luego entregó al jefe de Inteligencia que se encontraba en las instalaciones del 27 Batallón de Infantería.
De acuerdo con La Jornada, la Fiscalía Especial para el Caso Iguala fracasó en el intento para obtener las órdenes de aprehensión contra los dos militares que, presuntamente, también guardan relación con el cártel Guerreros Unidos.
