De acuerdo con el Ranking de Universidades de América Latina 2018 de QS (Quacquarelli Symonds, empresa especializada en la evaluación de la educación), la UAEM se ha posicionado en el lugar 50 de la región por su calidad, es la séptima universidad del país -tomando en cuenta instituciones públicas y privadas-, la cuarta universidad pública de México y la primera a nivel estatal.
El estudio evaluó a 3 mil 700 universidades, tomando en cuenta indicadores como la reputación académica, las redes de investigación internacional y el impacto en la web, reputación del empleador, profesores con PhD, citas por autor, estudiantes por profesor y publicaciones por autor, rubros en donde la autónoma mexiquense obtuvo buenos puntajes.
La UAEM escaló cinco posiciones en la clasificación a nivel Latinoamérica y dos en la escala nacional, posicionándose como la tercera institución educativa de nivel superior, entre públicas y privadas, con mejor reputación académica, así como en el puesto 29 en América Latina en el mismo rubro.